11月8日，国家卫生健康委员会对内设机构在官网上正式做出调整更新，调整后，原医政医管局更名为医政司，原卫生应急办公室更名为医疗应急司，同时撤销疾病预防控制局、综合监督局，具体而言：

原医政医管局更名为医政司，医政司下设综合处、医疗资源处、医疗机构处、医疗管理处、医疗质量与评价处、护理与康复处。该司主要职责为拟订医疗机构及医务人员、医疗技术应用、医疗质量和医疗服务等行业管理政策规范、标准并监督实施，承担推进心理健康和精神卫生、护理、康复事业发展工作；拟订公立医院运行监管、绩效评价和考核制度等。

原卫生应急办公室(突发公共卫生事件应急指挥中心)更名为医疗应急司，医疗应急司下设综合处(行风处)、医疗应急管理处、医疗应急指导处、公共卫生医疗管理处、医疗卫生安全和血液管理处、医疗监督处。该司主要职责为组织协调传染病疫情应对工作，承担医疗卫生应急体系建设，组织指导各类突发公共事件的医疗救治和紧急医学救援工作；拟订医疗安全、医疗监督、采供血机构管理以及行风建设等行业管理政策、标准并组织实施；拟订重大疾病、慢性病防控管理政策规范并监督实施。

同时，国家卫生健康委员会原机关党委更名为机关党委(党组巡视工作领导小组办公室)，负责机关和在京直属单位党的建设和纪检工作，领导机关群团组织的工作，承担内部巡视工作。机关党委(党组巡视工作领导小组办公室)设立机关纪委，承担机关和在京直属单位纪检、党风廉政建设有关工作。

此外，国家卫生健康委员会机构设置中不再设立疾病预防控制局、综合监督局。

2022年2月，中共中央办公厅、国务院办公厅曾发布《关于调整国家卫生健康委员会职能配置、内设机构和人员编制的通知》，公布了国家卫生健康委员会职能配置、内设机构和人员编制调整事项。调整后，国家卫生健康委员会设19个内设机构及机关党委(党组巡视工作领导小组办公室)、离退休干部局。机关行政编制464名。设主任1名，副主任4名，司局级领导职数80名(含机关党委专职副书记1名、机关纪委领导职数1名、卫生健康监察专员10名、离退休干部局领导职数2名)。

虽然疾病预防控制局撤销，但2021年5月13日正式挂牌成立的国家疾病预防控制局已承担了相关职能。国家疾病预防控制局为国家卫生健康委员会管理的国家局，为副部级，由王贺胜出任首任局长，国家疾病预防控制局职责主要包括制定并组织落实传染病预防控制规划、国家免疫规划以及严重危害人民健康公共卫生问题的干预措施，制定检疫、监测传染病目录；组织指导传染病疫情预防控制，编制专项预案并组织实施，指导监督预案演练，发布传染病疫情信息，指导开展寄生虫病与地方病防控工作等。